Königsdorf stand unter der Macht der Güssinger Grafen und war 1327 ein königliches Gut. Der Name „Königsdorf“ (Kyralfalwa) stammt wahrscheinlich vom Kirchenpatron, dem König Stephan. Erwähnt wird in der Pfarrchronik um 1750, dass eine Kapelle dem König Stephan geweiht war, daher vermutlich auch der Name. In der Verleihungsurkunde von 1428, in der König Sigismund an Peter Cseh de Leva die „Güssinger Provinz“ übergab, wird Königsdorf namentlich angeführt.

Durch Boczkays Haiduken wurde 1605 der ganze Ort verwüstet. 1704 wurden die Güssinger Lande von einfallenden Steirern heimgesucht. Diese brannten wieder alle Häuser nieder. Von 1711 bis 1712 wurde das Dorf von der Pest heimgesucht. Nach Ende des Ersten Weltkrieges waren zahlreiche Opfer unter der Bevölkerung zu beklagen, und es herrschte große Not. Am 30. August 1921 besetzten ungarische Freischärler das Dorf. Als diese zwei Monate später das Dorf verließen, verschwanden alle ungarischen Fahnen von den Häusern. Die österreichische Gendarmerie wurde freudig begrüßt. In den 30er-Jahren war der Einfluss des Nationalsozialismus in Königsdorf sehr stark. Er fand hier viele begeisterte Anhänger.

1938 wurde das Burgenland aufgeteilt, und Königsdorf kam zum Kreis Fürstenfeld. Der Zweite Weltkrieg brachte wieder großes Leid. 30 Gefallene waren zu beklagen, und im März 1945 wurde das Dorf von den Russen besetzt. Viele Bewohner wanderten nach Amerika aus, deshalb gibt es fast kein Haus, das nicht Verwandte in Amerika hat.

Nach Kriegsende wurde Königsdorf wieder dem Bezirk Jennersdorf zugeteilt. Durch den Fleiß der Bevölkerung wurde sofort mit dem Wiederaufbau des Dorfes begonnen, und die Wirtschaft konnte sich wieder erholen und entwickeln. Da der Limbach oftmals das Dorf überschwemmte, begann man 1936 mit der Regulierung des Baches. 1924 wurde in fast allen Häusern des Dorfes das elektrische Licht eingeleitet. Die Berghäuser erhielten das elektrische Licht erst 1951/52. 1860 wurde das katholische Schulgebäude errichtet und 1869/70 das evangelische. Doch 1938 wurden die konfessionellen Schulen aufgelöst, und so konnten evangelische und katholische Schüler gemeinsam unterrichtet werden. Im Jahr 1971 wurden die Gemeinden Eltendorf, Königsdorf und Zahling zur Großgemeinde Eltendorf zusammengelegt. 

1973 wurde in Königsdorf die Ortskanalisation errichtet, 1979 war der Bau einer Aufbahrungshalle fertiggestellt. Nach und nach erfolgte der Aufbau des Güterwegenetzes. Für Radfahrer, Wanderer und Reiter wurden in und um Königsdorf großzügige Wege gestaltet. Weiters entstand ab 1983 eine Sportanlage – ein Sportplatz mit Kabinen, ganzjährig bespielbare Tennisplätze und ein schöner Kinderspielplatz. Das evangelische Volksschulgebäude wurde ab 1987 saniert und darin die Volksschule untergebracht. 1991 begann man mit dem Bau eines Feuerwehrhauses in Königsdorf-Ort.

Seit 1. Jänner 1992 ist Königsdorf wieder eine eigene Gemeinde. 1993 erfolgte der Ankauf des alten Volksschulgebäudes zur Errichtung eines Gemeindezentrums. Im selben Jahr wurde eine Lagerhalle für den Bauhof der Gemeinde angekauft. 1994 wurde die Ortsdurchfahrt neu gestaltet und ein Teil der Abwasserbeseitigung im Trennsystem fertiggestellt sowie im Streusiedlungsbereich Königsdorf-Berg die Kanalisationsanlage errichtet. Seit 1995 wurden 3 Wohnhausanlagen mit je 4 Wohnungen erbaut. Mit 1. Jänner 1997 wurden die selbständige Verwaltung und das Standesamt in die Gemeinde Königsdorf verlegt. Die erste Trauung fand am 31.Mai 1997 statt. Zur Sicherung der Nahversorgung wurde im Jahr 2000 auf dem Grundstück des ehemaligen Volksschulgebäudes ein Geschäftslokal mit zwei Wohnungen errichtet. Mit Beschluss vom 27. März 2001 verlieh die Bgld. Landesregierung der Gemeinde Königsdorf das Recht zur Führung eines Gemeindewappens.

2001 wurde der Naturbadesee Königsdorf offiziell eröffnet, der sich jedes Jahr steigender Besucherzahlen erfreuen kann. Im Zuge der Dorferneuerung wurden ein Fernwärmeheizwerk errichtet und der Kirchenplatz neu gestaltet. Weitere Schritte in der Dorferneuerung werden die Gestaltung des Limbachs im Ortsgebiet und die Errichtung einer Wohnhausanlage in Königsdorf-Berg sein. Im Zuge von Strukturmaßnahmen werden der Gendarmerieposten Heiligenkreuz und der Gendarmerieposten Rudersdorf zusammengelegt und ab 1. Dezember 2003 in den neu errichteten Gendarmerieposten Königsdorf eingegliedert.